NPWP memiliki banyak fungsi dan manfaat, di antaranya menjadi sarana administrasi perpajakan. NPWP juga menjadi salah satu usaha untuk menjaga ketertiban dalam pembayaran dan administrasi perpajakan.
Orang yang memiliki NPWP akan mendapat kemudahan untuk administrasi perpajakan. Selain itu, pemegang nomor ini memiliki kemudahan dalam pengajuan pengurangan pembayaran pajak dan permohonan restitusi. Memiliki NPWP pun bermanfaat untuk pemotongan pajak yang lebih kecil. Sebab, bagi yang tidak mempunyai NPWP, pemotongan pajak atas penghasilan akan dikenakan tarif 20 % lebih tinggi dibanding yang memiliki NPWP.
Dengan mempunyai NPWP, wajib pajak bisa mendapatkan kemudahan untuk mengurus administrasi di berbagai instansi, karena beberapa instansi mewajibkan untuk melampirkannya. Contohnya, NPWP digunakan sebagai identitas atau tanda pengenal wajib pajak untuk melaksanakan hak dan kewajiban per individu mengenai perpajakan atau acuan untuk membayar pajak. NPWP juga menjadi persyaratan dalam pelayanan umum, seperti membuat paspor, pengajuan kredit ke bank, membuat surat izin usaha perdagangan, dan lain sebagainya.